艾克斯-马赛大学的历史可追溯至1409年由普罗旺斯伯爵路易二世建立的艾克斯大学，后分别发展成为以文学、艺术和人文科学为主的普罗旺斯大学（艾克斯-马赛第一大学），以技术医学、理工为主的地中海大学（艾克斯-马赛第二大学）和以经济管理、法律为核心的保罗-塞尚大学（艾克斯-马赛第三大学）。